Video: Hoe worden contigs geassembleerd tot steigers?
2024 Auteur: Miles Stephen | [email protected]. Laatst gewijzigd: 2023-12-15 23:39
Bij het maken van een conceptgenoom zijn individuele aflezingen van DNA eerst samengevoegd tot contigs , die door de aard van hun samenkomst , hebben openingen tussen hen. De volgende stap is tot overbrug dan de kloof tussen deze grenst aan Maak een steiger . Dit kan worden gedaan met behulp van optische mapping of mate-pair-sequencing.
Evenzo kunt u zich afvragen, wat zijn contigs en steigers?
EEN steiger is een deel van de genoomsequentie die is gereconstrueerd uit end-sequenced shotgun-klonen van het hele genoom. Steigers zijn samengesteld uit contigs en hiaten. EEN aangrenzend is een aaneengesloten lengte van de genomische sequentie waarvan de volgorde van de basen met een hoog betrouwbaarheidsniveau bekend is. In sommige gevallen, steigers kan overlappen.
En wat is contigs in bio-informatica? EEN aangrenzend (van aaneengesloten) is een reeks overlappende DNA-segmenten die samen een consensusgebied van DNA vertegenwoordigen. Contigs kan dus zowel verwijzen naar overlappende DNA-sequenties als naar overlappende fysieke segmenten (fragmenten) die in klonen aanwezig zijn, afhankelijk van de context.
Hoe worden contigs in dit verband geassembleerd?
De set van de overlappende DNA-sequentie van DNA-fragmenten staat bekend als a aangrenzend . Contig mapping is een proces waarbij overlappende klonen worden geassembleerd om die overlap te rangschikken. Dit omvat het regelen van de contigs in orde en oriëntatie. Kloon contigs kan automatisch zijn geassembleerd met behulp van hun BAC-end sequenties.
Waarom zijn contigs belangrijk?
Contig montage is een belangrijk stap in genoomassemblage. Voor het in kaart brengen worden overlappende klonen geassembleerd om de sequentie te bepalen die overlappen. Elk fragment wordt in een vector gekloneerd en van beide uiteinden wordt de sequentie bepaald om een sequentielengte van ongeveer 600-700 bp te produceren. De sequentie van beide uiteinden van het DNA-fragment wordt een paar-uiteinde genoemd.
Aanbevolen:
Waarom zijn de meeste energiepiramides beperkt tot drie tot vijf niveaus?
Waarom is een energiepiramide in een ecosysteem doorgaans beperkt tot slechts vier of vijf niveaus? omdat de energie steeds minder boven de trofische niveaus komt. de piramide is beperkt tot vier of vijf niveaus omdat er dan geen energie meer over zou zijn voor organismen hoger in de trofische niveaus
Hoe kan Parallax worden gebruikt om de afstand tot sterren te meten?
Astronomen schatten de afstand van nabije objecten in de ruimte met behulp van een methode die stellaire parallax of trigonometrische parallax wordt genoemd. Simpel gezegd, ze meten de schijnbare beweging van een ster tegen de achtergrond van verder weg gelegen sterren terwijl de aarde om de zon draait
Hoe worden de primaire wikkelingen aangesloten wanneer de transformator op een 480 volt-systeem moet worden gebruikt?
Een transformator heeft een subtractieve polariteit wanneer klem H1 grenst aan klem X1. Wanneer een 240/480 volt dubbele primaire stuurtransformator moet worden bediend vanuit een 240 volt systeem, wordt de primaire wikkeling parallel geschakeld. In een Delta-aangesloten transformator zijn de fase- en lijnspanningen gelijk
Wat maakt een zuur tot een zuur en een base tot een base?
Een zuur is een stof die waterstofionen afstaat. Hierdoor wordt, wanneer een zuur wordt opgelost in water, de balans tussen waterstofionen en hydroxide-ionen verschoven. Dit soort oplossing is zuur. Een base is een stof die waterstofionen accepteert
In welke richting worden nucleïnezuren geassembleerd?
Alle RNA- en DNA-synthese, zowel cellulair als viraal, verloopt in dezelfde chemische richting: van het 5' (fosfaat) uiteinde naar het 3' (hydroxyl) uiteinde (zie figuur 4-13). Nucleïnezuurketens zijn samengesteld uit 5'-trifosfaten van ribonucleosiden of deoxyribonucleosiden